まだ十分理解できているわけではないので、最適解かといわれると疑問がのこるが、とりあえずは動いているということで、
server { server_name cubie2.example.com; access_log /srv/www/site1/logs/access.log; error_log /srv/www/site1/logs/error.log; root /srv/www/site1/public; location / { index index.php index.html index.htm; try_files $uri $uri/ /index.php?$args @modx; } location @modx { rewrite ^/(.*)$ /index.php?q=$1&$args; } location ~ \.php$ { include /etc/nginx/fastcgi_params; fastcgi_pass unix:/var/run/php5-fpm.sock; fastcgi_index index.php; fastcgi_param SCRIPT_FILENAME $document_root$fastcgi_script_name; } . . . }
リライトには3回パスをとおしている、ということかな?